La storia è ambientata in una Gran Bretagna futuristica e distopica, in cui un regime fascista ha preso il potere in seguito alla confusione derivata da un conflitto nucleare. Le connotazioni del regime hanno dei chiari riferimenti al modello della politica totalitaria con mezzi di comunicazione controllati dal governo, corpi di polizia segreta, campi di concentramento per minoranze discriminate dal punto di vista razziale e sessuale. A questo si aggiunge una forte componente tecnocratica, con richiami al 1984 di George Orwell (i cittadini sono costantemente monitorati dalle telecamere a circuito chiuso ed ascoltati tramite continue intercettazioni ambientali).
La serie si apre con il conflitto politico concluso, i campi di concentramento hanno esaurito la loro funzione, e il popolo è assuefatto al regime instauratosi. La turbativa al sistema è rappresentata dalle azioni di V, un anarchico con la maschera di Guy Fawkes, dotato di inimmaginabili capacità e risorse, che inizia una campagna elaborata, violenta e teatrale, per cercare di sovvertire il regime. La gran parte della trama è narrata dai punti di vista dei vari comprimari, dalla seguace di V Evey Hammond a Eric Finch, il poliziotto che gli dà la caccia.
Il personaggio di V è estremamente affascinante e misterioso: non si conoscono le sue origini, ma si intuisce che abbia delle qualità fisiche e mentali al di fuori del normale. Le sue azioni, volte al sovvertimento del potere governativo, hanno contorni ambigui, e determinano la domanda che si pone alla base della serie: è giusto, eticamente, compiere atrocità e atti terroristici in nome di un obiettivo moralmente elevato, sia esso la stabilità politica o la libertà?
Nella storia, di volta in volta, compaiono riferimenti alla lettera V e al numero 5 ("V", in numeri romani, rappresenta il 5); ad esempio, V è rappresentato in un episodio mentre legge un romanzo di Thomas Pynchon che si intitola proprio V., e in un altro episodio viene citata la quinta sinfonia di Beethoven. V inoltre si esprime spesso con frasi riconducibili alla struttura metrica del pentametro giambico. Si possono notare alcune analogie, inoltre, con la storia del Fantasma dell'Opera di Gaston Leroux: ad esempio il parallelismo tra il rifugio di V e quello del Fantasma, il fatto che entrambi i personaggi indossino una maschera.
V è l'unico sopravvissuto del campo di concentramento di Larkhill, dal quale è scappato provocando un'esplosione con del fertilizzante; da allora cerca di vendicarsi uccidendo tutti i suoi carcerieri, ma anche i medici che hanno condotto esperimenti su di lui. Una sera V salva una ragazzina di nome Evey che, cercando di prostituirsi, aveva casualmente incontrato degli agenti del Dito che V uccide recitando una scena di Macbeth. V porta quindi con sé Evey mentre assiste alla distruzione del Big Ben. L'indagine sulla distruzione del Big Ben viene affidata al capo del naso Eric Finch ed al suo aiutante Dominic.
Mentre Evey si è trasferita nel sotterraneo che V usa come casa, detto Il teatrino delle ombre, V continua la sua serie di vendette, prima traumatizzando irreparabilmente la voce di Londra Lewis Prothero, bruciandogli tutte le bambole che collezionava assiduamente, poi uccidendo il vescovo di Londra, che era l'ex-confessore del campo, con del cianuro ed infine il medico legale Delia Surridge, amante di Finch. Quando esce da casa di Delia, V incontra ed uccide l'investigatore Derek Almond.
Dal diario di Delia, Finch scopre la storia di V. Intanto, Evey litiga con V e viene ospitata da Gordon Deitrich, che l'aiuta amorevolmente, Rosa Almond (la moglie di Derek) viene costretta a lavorare in uno strip-club ed inizia ad odiare il partito e Peter Creedy, il capo del dito, inizia a mettere insieme una milizia per prendere il posto del leader Adam Susan al vertice del partito che regge la dittatura militare fascista, con l'aiuto del contrabbandiere scozzese Alistair Harper, detto Ally.
Dopo un regolamento di conti, Ally uccide Gordon ed Evey viene imprigionata con l'accusa di attentare alla vita di Creedy, che si vedeva con Ally. In prigione, Evey viene torturata e minacciata di morte ma la biografia scritta sulla carta igienica di una donna di nome Valerie, anch'ella detenuta a Larkhill, le da la forza di continuare. Quando ormai ha accettato la morte, il carceriere le dice che è libera e si scopre che questi non è altri che V, anch'egli salvato dalla lettera di Valerie.
V distrugge il sistema di sorveglianza del partito, facendo precipitare la città nel disordine tanto che nemmeno l'intervento dell'esercito riesce a riportare la calma; intanto Finch arriva a Larkhill e prende l'LSD per cercare di immedesimarsi in V. Durante l'effetto dello stupefacente, ha l'impressione che V si trovi a Victoria Station (la metro era stata chiusa dal partito) e si reca lì; trova V e gli spara, ferendolo a morte. Nel mentre, Rosa Almond spara ad Adam Susan e Creddy viene ucciso col rasoio da Ally, che nel mentre si era venduto ad un altro politico di spicco del partito.
V riesce comunque a trovare Evey, la quale, dopo la sua morte, non gli toglie la maschera per non sminuirne la personalità. Evey porta, mascherata come lui, a termine il piano di V; gli fa un funerale vichingo ed avvia il treno per distruggere Downing Street, la sede del primo ministro.
Il potere del Norsefire sull'Inghilterra è ormai spezzato e la folla si abbandona a manifestazioni violente, in una voluta assenza di "lieto fine" non è chiaro se da questo disordine emergerà un nuovo stato di "anarchia consapevole" (e responsabile), come auspicato da V o solamente il caos e la sopraffazione, anche se Evey (si suppone) cercherà di fare del suo meglio per realizzare la visione del suo mentore.
